杂交育种是培育菌种的有效手段。诱变育种主要是通过改变核酸分子而引起变异，而杂交则是通过2个或几个亲株的染色体片段的交换或重新组合而获得新性状的。进行杂交时，亲代必须有标记。凡同宗接合的食用菌，可用营养缺陷型来标记。营养缺陷型是指在营养特征上表现某种缺陷的变异菌株，它在不含氨基酸、维生素等有机物的基本培养基上不能生长。可以把2个不同品种的营养缺陷型混合接种在基本培养基上，如果它们能生长，就意味着它们可能进行了杂交。对于异宗接合的食用菌，可利用菌丝的性别来进行杂交，取来自两种不同品系的单孢子分离物混合接种在一起，经培养后，凡出现双核菌丝的组合，并能正常结实，就证明能杂交。通过杂交亲代的选择，就能得到融合亲代优点而除去亲代缺点的优良菌种，使生产水平大幅度地提高。