在花球上，最初表现为水渍状的黄色点，随后扩大并长出黑色的霉状物，这是病原菌子实体的形成。严重时，一朵花球上可能会有数十个黑斑。感染部位会腐烂，但腐败过程相对较慢。在贮藏期间，有时候病斑会被灰葡萄孢再次寄生，从而产生混生的灰霉状物，加速了腐败进程。

病原菌属于半知菌亚门丝孢纲链格孢属，其种名为芸薹生链格孢（Alternaria brassicicola）。

花球的感染通常发生在采收时，当叶上的病菌附着到花球上时。这一过程最适宜于25至30摄氏度和高湿度环境中进行。虽然高湿度可以减少花椰菜和青花菜失水，但同时也促使黑斑病的发生。此外，将其存放在密封袋内只会加剧问题。

为了防止这一疾病，在田间采取预防措施是非常重要的。选择晴朗天气进行采摘，并在将其送入库存前清除任何有害的小叶片。此外，对植物进行预冷处理，并控制库存温度保持在0至1摄氏度之间，可以让它们保存6至8周，同时延缓出库后植物在室温下的衰老过程。如果使用薄膜袋包装，可以将2平方厘米浸过仲丁胺滤纸放入其中，以此来延长保质期到50至60天，或加入适量饱和的高锰酸钾以吸收乙烯，效果更佳。而使用带孔口薄膜袋则比全封闭包装能够显著减少发病率。