羊肚菌由于受到跳虫以及菌蚊等多种害虫的影响，其培养过程、产量与质量难以得到保障，为此应适当采取曝晒田地、灯光诱杀害虫以及药物辅助防控等综合防治管理方法，对羊肚菌的种植过程进行严格把控，应坚持“预防为主、药防为辅”的原则进行综合管理工作。 在羊肚菌种植工作中要对病虫害的防治给予高度重视，尽可能选择品种优良、菌丝健壮、传代较少的菌种，且将菌龄的选择标准控制在不超过40d，最好将种植时间安排在每年的11—12月，以控制气候因素，始终保持空气含氧量不低于羊肚菌生存标准。在羊肚菌的培养基中加入适量的保菇灵类药品，适当喷洒药物进行杀毒杀虫，以保持种植环境的整洁卫生。 为做好预防工作，应在羊肚菌下种后定期喷水，以维持空气湿度与土壤湿度始终处于最佳状态，维持土壤内益生菌含量，以达到抑制病菌滋生的目的。应重视药物灭菌方法的正确使用，根据菌种及种植地实际情况将药物辅助灭菌工作分2次进行，第1次在培养基内进行，第2次可将灭菌药物喷洒在培养基周围与表面，从而达到杀菌消毒的作用，同时也为羊肚菌种植工作的顺利进行提供强有力的保障。