在花球上，最初会出现类似水渍的小黄点，这些点随后会扩大，并长出黑色的霉状物，即病原菌的子实体。当病情严重时，一朵花球上可能会有数十个这样的黑斑。感染的组织会腐烂，但这种腐烂过程相对较慢。在贮藏期间，有时候这些病斑还可能被灰葡萄孢寄生，从而产生灰色霉状物，加速了腐烂进程。

病原菌是一种名为芸薹生链格孢（Alternaria brassicicola）的半知菌亚门丝孢纲链格孢属生物。

此种疾病在贮藏过程中主要发生，通常是因为在田间采收时，将含有病菌的叶片带到花球上导致。此外，在25至30摄氏度的适宜温度和高湿度条件下，黑斑病更容易发生。尽管高湿度可以减少植物失水，但它并不会阻止黑斑病的发生。而将花椰菜或青花菜密封在薄膜袋中实际上会加剧问题。

为了防止这一疾病，我们必须做好田间管理工作。在晴朗天气条件下进行采摘，并且在将产品入库前移除任何看起来有害的小叶片。此外，可以通过预冷处理来延长存储期限，使得产品能够安全地存储6到8周，同时也能减缓出库后室温下植物发黄衰变的情况。如果使用薄膜袋进行包装，可以将2平方厘米浸过仲丁胺滤纸放入其中，以保持50到60天的新鲜状态；或者加入适量饱和高锰酸钾以吸收乙烯，这样效果更佳。使用具有孔洞设计的薄膜袋包装比全封闭型薄膜包装可以显著减少疾病发生率。