鸭瘟和鸭霍乱是鸭的两种危害性极大的传染病。发病率和致死率都很高。这两种传染病常并发流行，加之某些症状又很相似，因此诊断时要注意区分。鸭瘟（新城疫）和鸭霍乱的区别在于：

从流行病学的特点比较鸭瘟仅引起鸭鹅自然发病，流行期比较长，当鸭瘟传入一个易感鸭群时，一般在3天~7天后开始出现零星病鸭，再过3天~5天后才开始大批发病，整个流行过程可达半个月至一个月，死亡率平均在90%以上。而鸭霍乱各种家禽包括鸭、鸡、鹅、火鸡和鸽均可感染。病程短促，病程一般在数小时至2天内死亡。雏鸭常呈流行性发病，死亡率可达80%以上。成鸭多为散发性流行，其流行呈间歇性。

从临床症状的特点比较鸭瘟特征性症状是流泪，眼睑肿胀，两脚发软不能站立，下痢，头颈部肿大，俗称“大头瘟”。而鸭霍乱最急性病例无任何症状而突然死亡。急性病例呈现精神委顿，食欲停止，呼吸困难，口腔和鼻孔有时流出带泡沫黏液，有时流出血水，频频摇头，很快死亡，俗称“摇头瘟”。