真菌与植物之间的互惠互利关系始于古代，通过长时间的进化过程，形成了多种复杂的共生模式。

一些真菌能够在植物根部形成专有的结构，如哑根（mycorrhizae），以此来增强其吸收水分和矿物质的能力，同时也有助于植物抵御病原微生物和害虫侵袭。

研究表明，在某些情况下，真菌还能够提供养分给植物，比如通过直接转移有机物质或者参与固氮反应。例如，一些固定氮气体到无机形式的细小蓝藻可以被特定的土壤线虫或弓形虫寄生的线虫捕食者进行利用，从而为周围环境中的其他生物提供丰富的营养资源。

在自然界中，这种共生关系往往是双方都能从中获得益处的情况，但也存在着竞争压力。在一些极端环境下，如干旱或贫瘠土壤地区，优势型真菌可能会排挤掉劣势型，使得它们无法维持同样的水平合作。

近年来的研究还揭示了人类农业生产中对这种自然共生的重要性。例如，对农作物施用适量合适类型的人工调节性的土壤微生物，可以促进健康土壤微生物群落，使得整个生态系统更加稳定，从而提高作物产量并减少使用化学肥料和杀虫剂。