生在菇木上的杂菌，常见的有木霉、裂褶菌、青霉、毛霉、根霉、曲霉等。害虫有蛞蝓、蜗、白蚁等，有害菇木的天牛幼虫、小蠹虫和白蚁等。 在防治上，菇农应贯彻“预防为主，综合防治”的方针，加强菇场在菇木上的科学管理，创造一个有利香菇生长而不利杂菌、害虫发生的环境。 菇农应做到防患于未然，一旦发生病虫害要及时采取措施。菇木上的杂菌，可用小刀刮除，或涂2%石灰水。对蜗牛、蛞蝓等害虫，可于清晨或傍晚进行人工捕杀。对白蚁可用亚砒酸60%、 滑石粉40%，或亚砒酸46%、水扬酸15%、氧化铁5%的混合药粉撒施在蚁道、蚁巢上防治。 对应采取综合防治的措施，除应注意原料与菌种的选择，场地、用具的消毒外，在方面还应采取： ①培养料先经堆制发酵，利用多种高温型微生物所产生的生物热杀死害虫和中低温菌类，减少污染源。 ②快速装袋灭菌。配制后的培养偏酸性，适于各种微生物的生长与繁殖，所以应尽量在5小时内装完毕，灭菌时要求在46小时使温度上升到100℃。 ③培养室降温、通风，可减少杂菌污染，提高接种成品率。如要防止木霉的污染，可把接种后的菌袋先在16℃下培养，这时香菇菌丝可生长，而木霉的孢子难以萌发，菌丝生长缓慢 （木霉菌丝生长最适温度为25-30℃）， 待香菇菌丝体在培养料表面生长到一定程度后，再逐步提高温度，最后在25℃下培养到菌丝体长满全袋。如一开始就在25℃下培养，有利木霉菌丝的生长，则杂菌污染率就高。 ④局部污染的菌袋，可注射20%甲醛溶液或5%石碳酸，以控制污染点的扩散。对蛞蝓、白蚁的防治，可参照椴木栽培的防治方法进行。对跳虫的防治，在出菇期可用0.1敌敌畏拌少量蜂蜜诱杀，或用0.1%鱼藤精或150-200倍除虫菊液喷洒。