菌类做法

菌类文献解析揭秘肺形侧耳低温胁迫时期的转录组奥秘

摘要:本研究采用高通量RNA测序技术,探究了肺形侧耳栽培菌株X57在4℃低温处理的基因表达变化,以期揭示该微生物对低温胁迫的适应机制。我们发现在6小时和12小时的低温处理后,共筛选出742个和1,489个差异基因,其中上调和下调基因各占一半。通过Gene ontology功能聚类分析,我们发现这些差异表达基因主要参与结合、催化分子功能以及代谢过程中的生物学过程。而KEGG通路富集分析结果显示,这些差异基因主要集中于氨基酸、核糖体与类固醇生物合成,以及氮类物质代谢等关键通路中,并且与MAPK信号传递途径相关,尤其是HOG-MAPK途径,该途径已被证明是真菌低温胁迫中重要的一环。

为了验证这些发现,我们使用了生物信息学软件来构建肺形侧耳的HOG-MAPK信号通路,并通过荧光定量PCR进行了相关基因的表达验证。结果显示,与0小时处理作为参照相比,在低温胁迫时间增加时,大多数通路内的基因表达量显著上升,与RNA-Seq分析结果相符。这项研究为理解肺形侧耳在低温环境下的生存策略提供了基础,为未来的功能鉴定工作奠定了基础,同时也为解析其信号通路调控机制提供了解答。