羊肚菌养菌阶段杂菌侵袭有一个很明显的特征，就是杂菌侵袭部位往往是裸露在地表的菌种，此时的杂菌主要为绿霉和链孢霉。 裸露的菌种被杂菌侵袭，是因为菌种上面附带足量的营养物质容易滋生杂菌；而没有裸露的菌种不容易被杂菌侵袭，是因为羊肚菌菌丝生长力较为旺盛，能在贫瘠的土壤内长距离穿梭形成菌丝网络，而杂菌在土壤中穿梭的能力相对较弱；当然菌种中带有杂菌或菌种活力不足也是原因之一；除此之外，土壤水分偏大也是造成杂菌容易滋生的主要原因。 因此，要防控养菌阶段的杂菌侵袭，需要注意以下几点： 1. 前期土壤处理：与其他植物轮作；播种之前撒施生石灰、深耕、撒施防虫防杂菌药物等操作； 2. 选用优质健壮无污染的菌种； 3. 播种后及时覆土，操作要规范，避免菌种暴露在空气中，土壤湿度要适中；采取防虫防杂菌措施； 4. 如果发生杂菌侵袭，可用纸巾包裹，小心捡起，或用生石灰覆盖（连同杂菌和羊肚菌一起灭杀），或用干净的土覆盖2~3cm，注意：杂菌侵袭严重的最好用生石灰处理，轻度杂菌可覆土处理； 5. 营养袋的摆放注意避开杂菌位置，如营养袋后期感染杂菌，出菇前必须撤袋； 6. 发生杂菌侵袭的田地，后期出菇过程严防高温高湿，稍不注意，这些杂菌均可能直接侵袭菇子，造成更惨的损失； 7. 杂菌发生严重的田地，第二年不要再种羊肚菌。