在花球上，最初表现为小黄点，逐渐扩大并长出黑色霉状物，这些是病原菌的子实体。严重时，每个花球上可能出现几十个黑斑。感染的组织会腐烂，但这种腐烂过程相对较慢。在贮藏期间，有时候这些病斑会被灰葡萄孢再次寄生，从而产生混生的灰色霉状物，这加速了腐烂进程。

病原菌属于半知菌亚门丝孢纲链格孢属，其种名为芸薹生链格孢（Alternaria brassicicola）。

黑斑病通常在采收后花球上的感染中发生，它主要是田间采收时，由于叶片上的病菌与花球接触引起。此外，在25至30摄氏度的适宜温度和高湿度下，黑斑病的发生就会明显增加。即使高湿度有助于减少水分损失，也会促进黑斑病的发展，因此密封装袋也反而加剧了问题。

为了防止这一疾病，我们需要在田间采取措施进行防治。在晴朗天气条件下进行采摘，并在入库前清除任何有症状的小叶片。此外，可以通过预冷处理来延长储存时间，使其能维持6到8周，并且可以帮助防止出库后室温下的黄衰发生。如果使用薄膜袋包装，可以将2平方厘米浸过仲丁胺滤纸放入其中，这样可以让花椰菜和青花菜保持50到60天的新鲜状态。而加入适量饱和高锰酸钾也有助于吸收乙烯，从而效果更佳。使用带孔洞薄膜袋包装比完全封闭的情况更能减少发病率。