水培技术难以掌控

水培蔬菜需要精确控制水质和营养物质的供应，否则容易导致植物生长受限或出现病虫害。家中条件通常无法提供专业水平的环境监测和维护，这使得水培成果难以预测且易受外界因素影响。

光照需求高昂

水培植物对于光照有着较高的要求，尤其是那些需要进行光合作用的植物。在家中，自然光照可能不足或者季节变换带来的日照时间变化也会对植物生长造成负面影响。此外，人为设置灯光也需要考虑到色温、强度等多种因素，这对普通家庭来说是一个挑战。

温度调控困难

不同类型的水培蔬菜对温度有不同的适应性，一些喜欢温暖湿润的地方，而另一些则更喜凉爽干燥。然而，在室内环境中调整到恰当的温度并保持稳定是非常困难的事情。这可能会导致某些植物因为过热或过冷而发育不良甚至死亡。

室内空气质量问题

在室内长期栽种水培蔬菜，不仅要注意空气中的CO2浓度，还要防止二氧化碳积累，以免影响植物吸收必要营养物质的情况。此外，如果没有足够的通风和净化系统，将会产生大量灰尘、花粉以及其他微小颗粒物，对居住者健康构成潜在威胁。

经济成本远超预期

购买必要设备如LED grow lights、滴灌系统、高效传递器、土壤替代品等，以及不断购买新鲜根系文化介质（即一种特殊设计让根部能自由伸展与摄取营养液体的地球），这些都会增加家庭开支。而且由于成功率低，失败后的再次尝试也将进一步加重经济负担。