在这项研究中，我们深入探讨了金针菇的rDNA序列，特别是ITS和IGS区域，这些区域对于真菌系统发育和物种鉴定至关重要。通过结合二代和三代测序技术，我们成功地获得了金针菇单核菌株6-3的高质量基因组序列，并对其进行了详尽的分析。

首先，我们发现金针菇拥有8个完整的rDNA转录单元，每个转录单元都具有相同长度为5,903bp。这表明这些转录单元在复制过程中保持高度的一致性。此外，9个基因间隔区（IGS）也被检测到，它们负责分隔不同的rDNA转录单元。IGS1位于18S rDNA与5.8S rDNA之间，而IGS2位于28S rDNA与5.8S rDNA之间。这些区间长度各不相同，范围从3,909bp至4,566bp。

进一步分析显示，每个rDNA转录单元内都包含特定的基因：18SrRNA、ITS1、5.8SrRNA、ITS2和28SrRNA。其中，18SrRNA有1796bp长，其次是234bp长的ITS1，再然后是173bp长的5.8SrRNA，然后是291bp长的ITS2，最终是3410bp长的大型亚单位-rRNA（28SrRNA）。

除了上述基本结构之外，我们还观察到了两个IGS区间，其中一个叫做“非编码区域”或“插入段”，它位于5.8SrRNA与28SrRNA之间，这部分区域通常被称作IGSn。在这个过程中，还有一个小型亚单位-rRNAs(即SSU)存在于大型亚单位-rRNAs(即LSU)之前，与其他真菌相比，有一些独特性。

我们的结果还揭示了多样性的来源，比如SNP、小片段缺失（InDel）以及串联重复序列(TRS)，这些都是导致不同拷贝中的变异所必需的一系列改变。而且，在这两条拷贝中，只有一些位置上的SNP和InDel发生变化，而另一些则主要由TRS引起。

最后，这一研究强调了一点，即在使用IGSn作为鉴定不同菌株时，应该选择那些跨越多个拷贝并且保守稳定的位点，以确保准确性。这项工作为后续关于食用真菌分类提供了一份宝贵的手册，同时也展示了如何利用现代分子生物学技术来理解微生物群落内部细微差别。