在花球上，最初表现为水渍状的黄色点，随后扩大并长出黑色的霉状物，这是病原菌子实体的形成。严重时，一朵花球上可能会有数十个黑斑。感染部位会腐烂，但腐败过程相对较慢。在贮藏期间，有时候病斑会被灰葡萄孢再次寄生，从而产生混生的灰霉状物，加速了腐败进程。

病原菌属于半知菌亚门丝孢纲链格孢属芸薹生链格孢（Alternaria brassicicola）。

这场疾病通常在贮藏中发生，在田间采收时，由于叶上的病菌附着到花球上导致。此种侵染最适宜于25至30摄氏度的环境，并且需要高湿度条件。虽然高湿度可以减少花椰菜和青花菜水分流失，但也使得黑斑病更容易发生。此外，如果将它们装入薄膜袋密封，情况就会变得更加危险。

为了防止这种情况，我们应该在田间采取防御措施。在晴朗天气下进行采摘，并在存储前去除那些出现问题的小叶片。通过预冷处理并控制贮存温度在0至1摄氏度之间，可以让它们保持6至8周不变质。此外，这样做还能推迟出库后植物在室温下的黄化过程。如果使用薄膜袋包装，可以在袋内加入含有仲丁胺滤纸，每平方厘米约0.08毫升。这通常能够保证50至60天的良好状态，或是在添加适量饱和高锰酸钾的情况下效果更佳，以吸收乙烯。一种替代方案是使用带孔的薄膜袋包装，这样的方式比全封闭的薄膜袋包装能显著降低发病率。