（1）临床诊断在本病流行的地区，根据发病季节，典型症状和剖检变化，可以初步诊断。

（2）实验室诊断病料采取：病死牛羊的肝、脾、淋巴结、子宫胎膜、流产胎儿的胃肠等。直接镜检：因本菌与其他的肠道菌形状不易区别，直接镜检意义不大。分离培养：可直接用病料接种选择培养基，也可选用增菌培养基，培养后，再接种于选择培养基。选择培养基一般常用S?S琼脂，37℃，18~24小时培养后，形成圆形、光滑、湿润、半透明、灰白色、大小不等的菌落。快速生化鉴定：利用培养后典型的菌落接种于微量生化反应管。是一种快速、准确、简单的沙门氏杆菌鉴定方法。

（3）鉴别诊断牛副伤寒应与牛球虫病、犊牛大肠杆菌病相区别。绵羊副伤寒应与绵羊地方流行性流产相区别。