菌盖小而薄：在香菇的生长过程中，如果菌盖呈现出小而薄的特征，即使其成熟度较高也无法达到理想状态，鲜食时缺乏香菇独有的香味。这种畸形可能是由于转色不完全、基料营养不足或者生长温度过高所致。为了防治，我们可以采取以下措施：对于未能完成转色的菌袋，需要调整条件以促进转色；如果基料营养不足，可以在浸泡菌袋时适当补充营养物质，或采用“菇面施肥”方法，如喷洒三维营养精素，以增厚菌盖；夏季气温较高时，可采取降温措施，如向棚内墙壁喷水。

菌盖灯罩形：香菇的菌盖出现尖头灯罩状并且明显变薄，这会严重影响商品质量。与上述原因相同，可以参照上述方法进行防治。

菌盖波浪形：如果香菇的边缘呈现出规则波浪形状，并且显得较为脆弱，这通常是因为幼龄期接受了大幅温差和湿度变化，大水直接喷淋到菌盖上也有可能导致此类畸形。为了防止这种情况，我们应该保持温度和湿度相对稳定，尤其是在反季节栽培期间，当棚内温度变化剧烈时，对于子实体发育至关重要。

菌盖不周正：如若发现香菇的菌盖或狭长或三角等，不圆整，这通常意味着幼蕾阶段没有及时切开塑料膜，使其顶部受到摩擦压力，或多个幼蕾未能得到及时疏蕾处理，从而造成后来分化后的核蓉挤压成为不可逆转的情况。在这样的情况下，我们应及时割膜并疏蕾，只选取一二个健康的小蕾，不要让它们互相挤压。

菌柄空心：如果香菇的菌柄细长且空心，那么它将带来一个问题，即小巧无味。如果基料含水率过低或者空间湿度太小，也会导致此类畸形。此刻我们应该每次采收后立即进行泡袋处理，一般24小时即可恢复原有重量；同时保持棚内空气湿度在85%以上以避免干燥问题产生。

菌柄从裂缝中长出：当基料含水率过低形成裂口之后，有时候子实体就会从这些裂口内部开始生长，而不是完整地钻出来，最终成品无法实现市场价值。在这方面我们的预防措施就是坚持浸泡处理，让其不会形成裂口。

菌柄扭曲：由于环境因素（如低湿、高光照、光线频繁改变），可能会导致鸡蛋卷帘样子的畸形性质发生。这可以通过保持一定水平的人工控制（例如1000勒克斯散射光）以及稳定的环境条件来减少这一风险。

蜡烛型萎缩态: 如果观察到的结果是一根光秃秃没有正常组织结构的大型棒状结构，那么我们已经看到了一种被称作蜡烛型萎缩态的情况发生。这通常由两种主要原因引起。一是早期植株受损; 二是棚室中的二氧化碳浓度过高。在遇到这个问题的时候，我们可以采取以下步骤: 及时割除那些受损部分; 在疏蕾阶段要特别注意不要伤害到你想要保留的小茎; 保持良好的通风系统，以确保整个栽培区能够呼吸新鲜空气，避免积累有害气体。