土壤中的微生物群落、昆虫对羊肚菌的生产都会产生直接影响，为抑制羊肚菌病害、虫害的发生，需要对种植土壤进行处理。生产上需在前期高温闷棚的基础上进一步进行杀虫杀菌处理。具体方法为：在播种前10-20天，喷水使土壤湿润，按照每亩50公斤的用量均匀撒一层生石灰粉，根据前茬土壤病虫害发生情况，必要时喷施一遍杀虫剂和杀菌剂，然后将土壤深翻30厘米左右，其中密闭生产棚室，提高棚室内最高温度达到40℃以上，以达到杀虫杀菌作用。 播种前浇足底水，调节土壤湿度，播种时期土壤的含水量对羊肚菌生长至关重要，播种前首先要浇足底水，使土壤中没有干土层。应在播种前2天调节土壤相对湿度在35%-40%，简单判断标准为：土壤颜色深暗，手捏成团，抛之即散，手上留有湿水印，为适合的含水量。土壤含水量过大过小都不宜播种，应加以调节后再播种。 播种后要保持羊肚菌菌丝生长的适宜环境，为保证温度、水分等环境因子的稳定，播种后要及时覆盖地膜：林下简易设施及冷棚一定要覆盖黑色地膜，以利蓄热；日光温室应根据棚内杂草发生概率和温度条件，可选择覆盖黑色或白色地膜。覆膜后，应在覆膜上打孔，孔径0.5-1厘米，每平方米打孔数量为30-50个以利氧气供应。