挑选的时间幼鱼长3厘米长时开始挑选，先后进行3～4次挑选。因品种的不同、生长速度的快慢和出现斑纹的早晚而使挑选时间也有差异。例如，昭和三色锦鲤在孵化后15天进行挑选，黄金系统锦鲤则为50天开始挑选，红白系和大正三色系统的锦鲤，于60天左右开始挑选。

挑选的要点首先去掉畸形、色彩不鲜艳的鱼。然后依照花纹的生长状况和质量好坏的标准进行挑选，红白系锦鲤的红斑纹颜色淡的应淘汰，黄金系锦鲤头部无光泽、鳞片覆盖不好、鱼体杂斑多、胸鳍生长不好的均要淘汰。