法规文件数量繁多，内容复杂，导致执行难度增大。党内法规涵盖广泛，从组织生活制度到纪律处分规定，再到精神文明建设各个方面都有详尽的法律体系。但是，这些法规文件往往数量众多、内容错综复杂，对于基层组织来说要全面掌握并贯彻执行是一项极为艰巨的任务。

基层组织资源有限，不具备完善的执行机制。许多基层组织在人手和物资上都存在不足，加之缺乏专门负责监督和推动实施党内法规工作的人员，使得实际操作中难以有效地将政策转化为行动。

缺乏系统性的培训教育，提高干部素质困难。虽然有的地方会举行一些形式主义式的培训，但对于提高干部在实际工作中的应用能力却作用有限。此外，由于缺乏持续性和针对性的培训，一些新颁布或更新的党内法规在被普及至基层之前就已经过时了。

责任追究机制不够完善，导致责任落实不到位。在某些情况下，即使发现违反党内法规的情况，也因为责任追究机制不健全或者处理方式不当而未能得到妥善解决，这种情况下的“说一非非”造成了权责失衡，并影响到了整体效能。

对标比优先原则没有形成共识，阻碍创新发展。由于不同地区之间存在差异较大的标准，比如办事效率、服务质量等，在理论上讲可以通过学习借鉴来提升自己的管理水平。但是在实际操作中，由于缺乏共同认可的事宜标准，大多数地区依然走着各自独特的道路，最终形成的是一片混乱的情景，而不是一个向上的集体竞争环境。