农业部已于2006年3月27日颁布第62号令，随后又于2013年12月31日、2014年4月25日和2015年4月29日分别颁布2013年第5号、2014年第3号和2015年第1号令，对食用菌的菌种资源进行合理保护和开发利用，规范了食用菌品种选育以及菌种生产、经营、使用和管理。
第一章总则
第一条本规定旨在合理保护和充分利用食用菌的菌种资源，规范食用菌品种选育及其菌种的生产、经营、使用和管理。本规定的制定参考并参照《中华人民共和国种子法》。
第二条在中华人民共和国境内任何从事食用菌品种选育和菌种生产、经营、使用、管理等活动的组织和个人，必须遵守本规定。
第三条本规定中的“菌种”，指的是包含食用菌菌丝体及其生长基质组成的繁殖材料。
食用菌的菌种可分为母种（一级种）、原种（二级种）和栽培种（三级种）。
第四条农业部是全国菌种工作的主管部门，县级以上地方人民政府的农业行政主管部门负责本地区的菌种管理工作。
第五条县级以上地方人民政府的农业行政主管部门应当积极推进食用菌种质资源的保护和良种选育、生产、更新和推广工作，鼓励选育、生产和经营相结合。
第二章种质资源保护和品种选育
第六条国家对食用菌的种质资源予以保护，任何单位和个人不得占有和破坏。
第七条不得采集国家重点保护的天然食用菌种质资源。但如确需特殊情况下（如科研等）采集，应按照法律程序申请采集手续。
第八条任何单位和个人向国外提供食用菌种质资源（包括菌丝体的栽培基质和用于菌种分离的子实体），必须事先向农业部申请批准。
第九条引进境外菌种时，应按照法律规定进行检疫，并在引进后30天内，向中国农业微生物菌种保藏管理中心提供适量的菌种进行保存。
第十条国家鼓励和支持单位和个人从事食用菌品种选育和开发，鼓励科研单位与企业联合选育新品种，并引导企业投资选育新品种。
已选育的新品种可依法申请植物新品种权，并受国家保护品种权人的合法权益。
第十一条从事食用菌品种选育（引进）的单位和个人可以自愿向全国农业技术推广服务中心申请品种认定。全国农业技术推广服务中心成立食用菌品种认定委员会，负责进行品种认定的技术鉴定。
第十二条食用菌品种名称应当规范，具体的命名规则由农业部会另行规定。
第三章菌种生产和经营
第十三条经营菌种生产的单位和个人应取得《食用菌菌种生产经营许可证》。
只从事栽培种经营的单位和个人，可以不需办理《食用菌菌种生产经营许可证》，但经营者必须具备相关菌种知识，拥有相应的菌种储存设备和场所，并向县级人民政府农业行政主管部门备案。
第十四条母种和原种的《食用菌菌种生产经营许可证》由所在地县级人民政府农业行政主管部门审核，省级人民政府农业行政主管部门核发，并向农业部备案。
栽培种的《食用菌菌种生产经营许可证》由所在地县级人民政府农业行政主管部门核发，并向省级人民政府农业行政主管部门备案。
第十五条申请母种和原种的《食用菌菌种生产经营许可证》的单位和个人，必须具备以下条件：
（一）生产经营母种的注册资本应为100万元以上，生产经营原种的注册资本应为50万元以上；
（二）具备经省级人民政府农业行政主管部门考核合格的检验人员一名。
申请母种和原种的《食用菌菌种生产经营许可证》的单位和个人必须满足以下条件：
（一）生产经营母种的注册资本应为100万元以上，生产经营原种的注册资本应为50万元以上；
（二）必须有2名以上的生产技术人员；
（三）必须拥有相应的灭菌、接种、培养、存储等设备和场所以及质量检验设施。生产母种还应拥有做出菇试验所需设备和场所；
（四）生产场地的环境卫生和其他条件必须符合农业部《食用菌菌种生产技术规程》的要求。
申请栽培种《食用菌菌种生产经营许可证》的单位和个人必须满足以下条件：
（一）注册资本应为10万元以上；
（二）必须有1名或1名以上的经省级人民政府农业行政主管部门考核合格的检验人员和生产技术人员；
（三）必须拥有必要的灭菌、接种、培养、存储等设备和场所以及必要的质量检验设施；
（四）栽培种生产场地的环境卫生和其他条件必须符合农业部《食用菌菌种生产技术规程》的要求。
前60日内作出审批决定。
申请《食用菌菌种生产经营许可证》需要向县级人民政府农业行政主管部门提交以下材料：
（一）填写好的许可证申请表；
（二）营业执照复印件；
（三）菌种检验人员和生产技术人员的资格证明；
（四）仪器设备和设施清单以及产权证明，重点设备的照片；
（五）菌种生产经营场所的照片及产权证明；
（六）品种特性介绍；
（七）菌种生产经营质量保证制度。
若申请母种生产经营许可证的品种为授权品种，还需提供品种权人（品种选育人）授权的书面证明。
县级人民政府农业行政主管部门收到母种和原种的生产经营许可申请后，可以安排专家实地考查，但必须在收到申请之后的60日内做出审批决定。
县级人民政府农业行政主管部门收到栽培种生产经营许可申请后，会安排专家进行实地考查。之后，审核意见将在20天内签署并上报省级人民政府农业行政主管部门进行审批。省级人民政府农业行政主管部门必须在收到审核意见后20天内完成审批，发放符合条件的生产经营许可证，不符合条件的则要书面通知申请人并陈述理由。 根据《食用菌菌种生产经营管理办法》规定，菌种生产经营许可证有效期为3年。有效期届满时，被许可人需要持原证按原申请程序重新办理许可证，时间应在有效期届满的前2个月内。如果在有效期内需要变更许可证注明的项目，则需要被许可人向原审批机关办理相应的变更手续，并提供相关证明材料。 另外，按级别生产菌种时，下一级菌种只能在上一级菌种基础上生产。家将当前一级菌种用于生产时，禁止再将栽培种用于扩繁菌种。获得上级菌种生产经营许可证的单位和个人可以从事下级菌种的生产经营。 《食用菌菌种生产经营管理办法》规定，禁止未取得许可证或未按许可证规定生产经营菌种；禁止买卖、涂改或伪造许可证；此外，生产单位和个人在生产菌种时应遵循农业部的《食用菌菌种生产技术规程》，建立相应的菌种生产档案，包含生产地点、数量、菌种来源、操作人员等信息，并保留2年。同样，经营单位和个人也应建立菌种经营档案，包含菌种来源、销售去向、经办人员等信息，并保留2年。 所有出售的菌种必须携带标签和质量合格证，标签里应包括菌种名称、菌株编号、净重、生产日期、保质期、生产单位、地址及电话。销售菌种前，必须在标签上标注菌种品种、级别、接种日期、保藏条件、保质期、菌种生产经营许可证编号、执行标准、生产者名称及生产地点，并确保所标注内容与实际销售的菌种相匹配。 菌种经营者应向购买者提供关于菌种品种种性、栽培技巧及相关咨询服务，并对菌种质量负责。 第四章“菌种质量”明确规定了农业部应制定全国菌种质量监督计划及相关规划，地方人民政府农业行政部门负责监督菌种质量并根据实际情况制定相应计划，而且菌种抽查不可征收费用且禁止重复抽查。县级以上人民政府农业行政主管部门可以委托具有相应检测条件和能力的菌种质量检验机构进行监督性检验。生产和销售假、劣菌种是被严厉禁止的，必须保证菌种的质量。 菌种质量检验机构必须拥有经省级人民政府有关主管部门考核合格的菌种检验员，具备大专以上文化水平或中级以上专业技术职称，且从事菌种检验技术工作3年以上。 任何形式的假菌种（如以非菌种冒充真菌种，或标签上的菌种种类、品种、级别不符等）和劣菌种（如质量低于国家规定的种用标准或标签标注指标）都被视为禁止生产和销售的。任何过期、变质的菌种都被视作禁止销售。 从事菌种进出口贸易的单位，除了必须拥有菌种生产经营许可证外，还必须遵守国家外贸法律和行政法规的规定，并取得相应的资格认证。 申请进出口菌种的单位或个人，必须填写《进（出）口菌种审批表》，并经省级人民政府农业行政主管部门审批通过后，方能合法办理进出口手续。菌种进出口审批单的有效期为3个月。 进出口菌种必须符合以下条件：1）属于国家允许进出口的菌种质资源；2）菌种的质量符合国家或行业标准；3）提供真实完备的菌种名称、种性、数量、原产地等证明文件；4）遵守法律法规和行业规定。菌种进出口需要遵守法律法规和行业规定的其他相关条件。 申请进出口菌种的单位或个人，必须提交以下材料：1）《食用菌菌种生产经营许可证》复印件、营业执照副本和进出口贸易资格证明；2）食用菌品种说明；3）符合第三十一条规定条件的其他证明材料。 从境外引进试验用的菌种及其扩繁品种在不具有对外制种合同的情况下禁止进口；进口的菌种也只能用于制种，不得在国内销售。 违反本办法规定的行为将依照《中华人民共和国种子法》规定进行处罚。 本办法所称的菌种种性是指食用菌品种的特性。食用菌品种的标准及要求应包括其对于环境条件，如温度、湿度、酸碱度、光照、氧气等的要求，以及其抗逆性、丰产性、出菇迟早、出菇潮数、栽培周期、商品质量及栽培习性等农艺性状。 野生食用菌菌种的采集和进出口管理应当依照《农业野生植物保护办法》的规定，办理相关审批手续。 本办法自2006年6月1日起施行，废止1996年7月1日农业部发布的《全国食用菌菌种暂行管理办法》（农农发〔1996〕6号）。使用《全国食用菌菌种暂行管理办法》颁发的菌种生产、经营许可证，其有效期届满后即为失效。
